由于傳統(tǒng)的地面回風形式，會增加落菌面積和潔凈的死角，同時，由于地面開孔會給土建增加大量工作，因此，為了即達到潔凈的最佳效果，又減少施工中的無謂工作，凈化車間設計中采用了在潔凈室內(nèi)與走廊相鄰的隔墻及門上兩側(cè)的下部安裝雙層百頁風口， 通過室內(nèi)、外空氣的壓差，將室內(nèi)的空氣排入走廊， 再由走廊上部的雙層百頁風口統(tǒng)一由回風管道送回至空調(diào)機房。 

回風系統(tǒng)也根據(jù)潔凈要求采用了三個回風系統(tǒng)： 一層大輸液車間為萬級潔凈區(qū)，采用一個回風系統(tǒng)；二層西藥部分和藥檢部分為萬級潔凈區(qū)，采用一個回風系統(tǒng)； 二層中藥車間為十萬級潔凈區(qū)，采用一個回風系統(tǒng)。

 通過送風系統(tǒng)和回風系統(tǒng)的分區(qū)設置，滿足了凈化車間內(nèi)不同潔凈分區(qū)內(nèi)空氣的不同潔凈度要求，也杜絕了各個潔凈區(qū)內(nèi)空氣的混合，避免潔凈車間內(nèi)不同分區(qū)內(nèi)空氣可能產(chǎn)生的交叉污染，同時滿足了工藝要求中區(qū)分人流和物流路徑中的空調(diào)氣流組織的要求。